Los subdominios asociados a los dominios adicionales son un requisito técnico de cPanel. Cuando se crea un dominio adicional desde la sección "Dominios", se crea automáticamente un subdominio asociado para poder configurar un virtualhost en la configuración del servidor web. Estos subdominios no se pueden eliminar, al menos de momento. Sabemos que hay el equipo de desarrollo de cPanel está valorando vías para que no sea necesario en el futuro, pero de momento no hay más información.
Estos subdominios no suelen tener indexación a no ser que algún enlace en el código HTML de alguna web que lleve al bot de Google a acceder a ellos. For ejemplo, si en desarrollo se usó de alguna forma ese subdominio en un enlace, llamada a imagen, o fichero estático, Google podría tener constancia de su existencia y acceder para ver si hay algo de valor que indexar. Pero, salvo esa circunstancia, lo habitual es que pasen desapercibidos y no existan para los buscadores.
En aquellos casos que haya sido indexado o se quiera prevenir, hay varias opciones, por ejemplo devolver un error 404 si se accede al subdominio, o hacer una redirección 301 (conocida como permanente). En el primer caso se le dice al buscador que no existe nada en ese subdominio y que lo ignore, y en el segundo se le indica que lo que busca realmente está en el dominio principal.
En el pasado los dominios adicionales también eran accesibles desde dominioprincipal.com/dominioadicional, pero actualmente los dominios se configuran en la raíz de la cuenta, fuera de public_html, evitando el problema.
Por lo demás, un dominio adicional es 100% independiente, funciona de igual forma que el dominio principal y trabaja correctamente con cualquier aplicación que necesites.
A no ser que durante el desarrollo hayas usado el subdominio o subdirectorio, ningún usuario o motor de búsqueda externo los conocerá y por ello en la mayoría de los casos no supone ningún problema.
Como hemos comentado, para solucionar el problema de indexación de los subdominios creados automáticamente al configurar un nuevo dominio, podemos hacer una redirección 301 o devolver un error 404 si se accede al subdominio.
Nos dirigimos al directorio creado para el dominio adicional y comprobamos si hay dentro un fichero bajo el nombre .htaccess (si no lo hay lo creamos, recuerda un punto antes del nombre .htaccess).
Lo abrimos o descargamos para poder editarlo.
Para devolver el error 404 se añade al inicio del fichero .htaccess del directorio asociado al dominio las reglas siguientes modificando el subdominio según corresponda y siguiendo la misma sintaxis:
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} subdominio\.tudominio\.com$
RewriteRule ^ - [R=404,L,NS]
Para redireccionar, en cambio, lo mismo pero con las siguientes reglas, donde la última línea define el dominio al que se redirecciona:
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} !subdominio\.tudominio\.com$
RewriteRule ^(.*)$ https://tudominio.com/$1 [R=301,L]
Solemos recomendar la redirección 301 para indicar al buscador que debe transferir cualquier posicionamiento, además de tráfico, que pueda tener el subdominio, en teoría al ser una redirección de tipo permanente en algún momento Google lo eliminará de su base de datos por carecer de utilidad, pero el 404 de igual forma es también un procedimiento correcto.