Cada dominio adicional o de complemento configurado se encuentra asociado a una ruta, un directorio específico destinado a alojar los ficheros y directorios del dominio.
En caso de necesitar modificar la ruta, esta se puede modificar de forma sencilla desde cPanel, una vez en el panel accede a la sección Dominios de complemento y en el listado de dominios localiza el que se quiere modificar, el campo Raíz de documento te permitirá modificar la ruta.
Si se trata de una web en funcionamiento, se deberán trasladar los ficheros y directorios a la nueva localización, la forma más sencilla es moverlos vía administrador de ficheros de cPanel, también puedes hacerlo vía FTP y si eres usuario experimentado, usando la terminal.