Cuando se configura un nuevo dominio en un servicio de hosting cPanel, el panel permite definir el directorio independiente al que quedará asociado, las dos configuraciones más habituales son o bien configurar el dominio en "/public_html/nuevodominio.com" o en la raíz de la cuenta "/nuevodominio.com".
Frecuentemente, recibimos consultas preguntando si una u otra configuración es mejor, pero realmente depende, no hay diferencias y elegir uno u otro va más ligado a preferencias de organización personales que ventajas o desventajas.
Por buscar alguna diferencia, public_html es el directorio asociado al dominio principal de la cuenta, por lo que si alojas los nuevos dominios en public_html, estos directorios se mezclarán con los ficheros de la aplicación o web del dominio principal, dando una sensación de desorganización y puede resultar algo confuso, haciendo que muchos clientes prefieran tener una estructura tipo:
dominioprincipal.com -> /public_html dominio1.com -> /dominio1.com dominio2.com -> /dominio2.com
De todas formas es importante recordar que la organización es flexible, pudiendo alojar los dominios y subdominios en estructuras más complejas, vemos habitualmente organizaciones tipo:
/webs/dominio1.com /webs/dominio2.com
U otras como:
/empresa1/dominio1.com /empresa1/dominio2.com /empresa2/dominio3.com
En resumen, a nivel técnico puedes organizar tus dominios según prefieras sin encontrar mayores diferencias entre uno u otro sistema.