Los Índices definen como se debe mostrar el contenido de un directorio (tudominio.com/directorio) que no dispone de fichero index que usar como puerta de entrada.
Importante saber que toda configuración que no implique No indexar hará que los ficheros contenidos en un directorio sin index puedan ser visualizados y descargados por un usuario que acceda vía web.
Las opciones serían:
Recuerda que aquella opción que apliques sobre un directorio, afectará a sus subdirectorios a no ser que estos tengan de forma explicita una configuración establecida.