El fichero .htaccess te permite personalizar determinadas opciones del servidor web en un directorio o arbol de directorios, opciones entre las que destacan:
Entre otras muchas posibilidades.
El fichero .htaccess actúa de forma recursiva, si tienes un fichero .htaccess dentro de public_html con algunas personalizaciones estas afectarán a su vez a los subdirectorios localizados en public_html
Cualquier directorio puede hacer uso de un fichero .htaccess, simplemente debes crear vía FTP o administrador de ficheros de cPanel, un fichero bajo el nombre .htaccess (importante incluir el punto al inicio) y editarlo como si de un fichero de texto plano se tratase.