La mayoría de valores de PHP pueden ser alterados y personalizados desde el fichero .htaccess que encontrarás en public_html o en el directorio donde alojes tu aplicación (si no existe el fichero .htaccess puedes crear uno vacío bajo dicho nombre).
Para ello añade justo al inicio de dicho ficheros líneas con la siguiente sintaxis:
php_value directiva nuevo_valor
Donde directiva sería el parámetro de configuración a modificar y nuevo_valor el nuevo valor que queremos aplicar.
Por ejemplo, si queremos modificar max_input_vars a 99999, haríamos lo siguiente:
php_value max_input_vars 99999
Este cambio será efectivo al momento y puedes añadir tantas líneas como directivas necesites modificar.